San Canzian d’Isonzo befindet sich ganz in der Nähe des Flusses Isonzo. Gemeinsam mit den Vororten von Pieris, Begliano und Isola Morosini gehört es zu den größten Gemeinden der Provinz Gorizia.
Es grenzt an die Gemeinden von Ronchi di Legionari, Staranzano, Turriaco, Grado und Fiumicello (UD).
San Canzian d’Isonzo liegt an der alten Römerstrasse „Gemina“, die nach Osten führte. „Aquae Gradatae“ (der antike Name der Ortschaft) erlebt einen wirtschaftlichen und kommerziellen Aufschwung dank der Aktivitäten des Hafens von Aquileia. Einige Forscher behaupten, dass sich in diesem Gebiet ein Flusshafen befand. Unter den zahlreichen erhaltenen Fundstücken des „Antiquarium Cantianense“, die die Bedeutung dieser Stadt unterstreichen, befindet sich eine Purpurfärberei, eine der wenigen, die zu dieser Zeit in Italien existierten. Im kleinen aber interessanten Museum befinden sich außerdem Überreste einer Ziegelsteinfabrik, Statuen, Grabdenkmäler und Mosaikböden.
Als Folge des Niedergangs von Aquileia sowie der Dezentralisierung des Straßennetzes und des Handels, verliert San Canzian seine Bedeutung.
Unter langobardischer Herrschaft wird die Ortschaft im Jahr 819 das erste Mal in einem Dokument erwähnt. In diesem Dokuments stiftet Ludovico il Pio einem Kloster, dessen Spuren sich im Laufe der Zeit verloren haben, zahlreiche Güter, die dem Langobarden Ardulfo entzogen worden waren. San Canzian wird zum Eigentum des Patriarchat von Aquileia.
Im Jahr 1420 unterwirft sich die Ortschaft genauso wie die Region Friaul der Herrschaft der Republik Venedig, zu der es bis zum Jahr 1797 gehört. Der Grosse Krieg beendet die österreichische Vorherrschaft.
Die Ortschaft verdankt ihren Bekanntheitsgrad der Entdeckung der Gräber der Heiligen Canzio, Canziano, Canzianella. Diese wurden bei jüngsten Ausgrabungsarbeiten freigelegt. Die Heiligen fanden im Jahr 303 den Märtyrertod gemeinsam mit ihrem Lehrmeister Proto, nachdem sie aus Rom vor den Verfolgungen des Kaisers Diocleziano geflohen waren. Der Fundort ist heute gut sichtbar neben der den Heiligen gewidmeten Pfarrkirche. Der Sarg des Heiligen Proto wird gemeinsam mit demjenigen des Märtyrers Hl. Crisogono in der gleichnamigen Kirche aus dem 15. Jahrhundert aufbewahrt.
Im Vorort Pieris befindet sich der Gemeindesitz.